身体の活動をあげるための交感神経の活動と、休むための副交感神経の活動とのバランスがくずれ、休みたいのに休めなかったり、逆に活動的になりたいのに無気力になったりする状態が、自律神経失調症です。疲労感やからだの一部が重いなどの体調の悪さがあっても、検査によって原因となる病気を特定できないことが特徴です。
自律神経失調症は、強いストレスや過労やがかかわっているケースが多いことが知られています。ストレスに対しては、気功瞑想では、外部との情報を遮断することで十分に脳を休ませ、また、過去のつらい記憶の影響をとりのぞくこと（トラウマのページ参照）で、対処できます。
また、気を充実させることは、疲れをとりのぞき、生命力を増加させますので、過労にも対処できます。
さらに、気功教室で習うことは、自律神経失調症に効果のある自律神経訓練法が含まれています：呼吸をともなった気の出入りの練習の中で、副交感神経の活動を強めたり、逆に交感神経の活動を強めることが可能になってきます。
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